Na gruntach administrowanych przez Nadleśnictwo Jarocin znajdują się następujące obszary Natura 2000:
- PLB 300002 „Dolina Środkowej Warty" – Powierzchnia obszaru wynosi 57 104,36 ha, z czego 4 720,41 ha (stanowiące zachodnią część obszaru), czyli 8,3% ogółu obszaru OSO, znajduje się na terenach administrowanych przez Nadleśnictwo Jarocin. Obszar obejmuje dolinę Warty pomiędzy wsią Babin (koło Uniejowa) i Dębno nad Wartą (koło Nowego Miasta). Dolina ma szerokość od 500 m do około 5 km, wypełniona jest przez mady i piaski, a jedynie w bezodpływowych obniżeniach występują niewielkie powierzchnie płytkich torfów. Obszar doliny jest w zróżnicowanym stopniu przekształcony i odmiennie użytkowany. Na obszarze Kotliny Kolskiej rzeka jest obustronnie obwałowana – obszary zalewowe (łąki i pastwiska, lokalne łęgi i wikliny nadrzeczne) znajdują się w strefie międzywala oraz w ujściach rzek Prosny i Kiełbaski. W obrębie Doliny Konińsko-Pyzdrskiej dolina zachowała bardziej naturalny charakter. Jej zachodnia część nie została obwałowana i podlega okresowym zalewom. Teren ten jest zajęty przez mozaikę ekstensywnie użytkowanych łąk i pastwisk, zadrzewień łęgowych oraz zarastających szuwarem starorzeczy. Zachodni fragment obszaru (na zachód od ujścia Prosny) zajmuje duży kompleks zalewowych, zbliżonych do naturalnych, starych łęgów jesionowo wiązowych i grądów niskich. Znaczne ich fragmenty zachowały się w wyniku ochrony rezerwatowej.

- PLB 300017 „Ostoja Rogalińska" – obszar specjalnej ochrony ptaków (OSO); Powierzchnia obszaru wynosi 21 763,12 ha, z czego 165,87 ha (0,8% OSO) znajduje się na terenach administrowanych przez nadleśnictwo (jest to końcowy, wschodni fragment tego obszaru). Obszar położony jest na Nizinie Wielkopolskiej, na południe od Poznania. Część południowa obszaru zawiera się w granicach Rogalińskiego Parku Krajobrazowego, po obu brzegach Warty. Charakterystyczny krajobraz tego odcinka doliny został ukształtowany przez meandrującą rzekę tworzącą na terasie zalewowej liczne starorzecza. Otaczają je łąki i bagna. W dolinie rzecznej zachowały się siedliska lasów łęgowych, a na wyższych terasach kompleksy grądów.

- PLH 300009 „Ostoja Nadwarciańska" – obszar mający znaczenie dla Wspólnoty (OZW); Ostoja zajmuje obszar o powierzchni 26 653,07 ha. W granicach administrowanych przez Nadleśnictwo Jarocin znajduje się tylko 37,13 ha (oddz. 202a,b, 203a,b, 155Aa,b, 155Ba,b obr. Czeszewo) czyli 0,1% powierzchni ostoi. Obszar obejmuje fragment doliny Środkowej Warty. Równoleżnikowo położona terasa zalewowa Warty cechuje się dużą różnorodnością szaty roślinnej. Na urozmaiconą rzeźbę terenu składają się takie jej formy jak wały przykorytowe, terasa zalewowa ze starorzeczami, terasa wydmowa i pagórki wydmowe. Cechą charakterystyczną są wiosenne zalewy i podtopienia, dzięki którym tworzą się tu rozległe, okresowe rozlewiska. Na obrzeżach doliny występują zróżnicowane zbiorowiska łęgów z udziałem jesionu, wiązu i olszy. W starorzeczach zachowały się dobrze wykształcone zbiorowiska roślinności wodnej. Niektóre fragmenty terenu, zwłaszcza w pasie przykorytowym Warty, w zasadzie podlegają jedynie procesom fluwialnym kształtującym roślinność naturalną. 91 Przedmiotem ochrony jest 15 typów siedlisk przyrodniczych, 9 gatunków zwierząt i jedna roślina. Żadne z nich nie występuje na gruntach administrowanych przez nadleśnictwo i położonych w ostoi. Zarządzenie Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Poznaniu z dnia 14 marca 2014 r. ustanawia plan zadań ochronnych dla ostoi. Dokument nie przewiduje wykonywania działań ochronnych na terenie Nadleśnictwa Jarocin.

- PLH 300012 „Rogalińska Dolina Warty" – obszar mający znaczenie dla Wspólnoty(OZW); Powierzchnia obszaru wynosi 14 753,60 ha, a w granicach administrowanych przez nadleśnictwo znajduje się tylko 165,87 ha, czyli 1,1% powierzchni ostoi. Na mocy Rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 13 marca 2017 r. w sprawie specjalnego obszaru ochrony siedlisk Rogalińska Dolina Warty (PLH300012), obszar uzyskał status specjalnego obszaru ochrony siedlisk. Opis ogólny terenu obszaru jest bardzo zbliżony do opisu cech „Ostoi Rogalińskiej”. „Rogalińska Dolina Warty” ma jednak mniejszy zasięg, obejmujący południową część „Ostoi
Rogalińskiej”, czyli głównie dolinę Warty. Dużą część obszaru pokrywają lasy, znaczny jest też 90 udział gruntów ornych. W dolinie zachowały się spore płaty lasów łęgowych (w tym zagrożonych w skali kraju łęgów wierzbowych i topolowych) oraz obszary związane z naturalną działalnością rzeki – łąki, bagna i starorzecza. Przedmiotem ochrony ostoi jest 10 typów siedlisk przyrodniczych: 3150, 3270, 6120, 6430, 6440, 6510, 9170, 9190, 91E0 i 91F0 oraz 8 gatunków zwierząt: boleń pospolity Aspius aspius, koza pospolita Cobitis taenia, piskorz Misgurnus fossiliss, bóbr europejski Castor fiber, wydra Lutra lutra, kozioróg dębosz Cerambyx cedro, pachnica dębowa Osmoderma eremita, trzepla zielona Ophiogomphus cecilia i jedna roślina starodub łąkowy Angelica palustris. Z wymienionych na gruntach nadleśnictwa położonych w ostoi stwierdzono występowanie 5 typów siedlisk: 3150, 6440, 9170, 91E0 i 91F0. Oprócz bobra na omawianym terenie nie stwierdzono pozostałych gatunków stanowiących przedmioty ochrony. Dla obszaru sporządzono Plan Zadań Ochronnych ustanowiony Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Poznaniu z dnia 24 lipca 2013 r. Działania ochronne przewidziane do wykonania na gruntach nadleśnictwa to ekstensywne użytkowanie kośne lub pastwiskowe łąk z siedliskami 6440 i 6510, usuwanie czeremchy amerykańskiej oraz robinii akacjowej z płatów siedliska 9190, pozostawianie martwego drewna w płatach siedliska 91F0.

- PLH 300053 „Lasy Żerkowsko-Czeszewskie" – obszar mający znaczenie dla Wspólnoty (OZW). „Lasy Żerkowsko-Czeszewskie” to specjalny obszar siedliskowy o powierzchni 7 158,20 ha. W granicach administrowanych przez Nadleśnictwo Jarocin znajduje się 5 031,84 ha, czyli 70,3% powierzchni ostoi. Ostoja obejmuje fragment doliny zalewowej Warty i dolnego odcinka Lutyni. Najcenniejsze tereny leśne i łąkowe leżą na południowej terasie rzecznej Warty, pomiędzy Nowym Miastem a Czeszewem. Teren ten ograniczony jest od północy korytem rzeki Warty, od południa, na odcinku od Nowego Miasta do Dębna, wysoką skarpą Ozu Mieszkowskiego. Na odcinku od Dębna do Czeszewa równinny polder zalewowy Warty i jej dopływu – Lutyni przecięty jest na dwie części wałem przeciwpowodziowym. Krajobraz zdominowany jest przez rozległe połacie lasów łęgowych oraz grądów; występują tu również cenne przyrodniczo zbiorowiska licznych starorzeczy z bogatą i dobrze zachowaną roślinnością wodną. Obszar Lasy Żerkowsko Czeszewskie to największy, naturalny kompleks lasów łęgowych w Wielkopolsce. Ostoja jest miejscem nakładania się na siebie granic OChK Szwajcaria Żerkowska, Żerkowsko-Czeszewskiego PK, obszaru Natura 2000 – Dolina Środkowej Warty (PLB 300002) i rezerwatów przyrody Dębno nad Wartą, Dwunastak i Czeszewski Las. Przedmiotem ochrony ostoi jest 7 typów siedlisk przyrodniczych: 3150, 6410, 6440, 6510, 9170, 91E0, 91F0 oraz 11 gatunków zwierząt: boleń pospolity Aspius aspius, koza pospolita
Cobitis taenia, piskorz Misgurnus fossiliss, kumak nizinny Bombina bombina, traszka grzebieniasta Triturus cristatus, bóbr europejski Castor fiber, wydra Lutra lutra, kozioróg dębosz Cerambyx cedro, pachnica dębowa Osmoderma eremita, trzepla zielona Ophiogomphus cecilia, poczwarówka zwężona Vertigo angustior. Wszystkie z wymienionych siedlisk występują na terenach nadleśnictwa położonych w ostoi. Stwierdzono tu także stanowiska większości wymienionych gatunków z wyjątkiem bolenia, kozy i trzepli zielonej.

Materiał filmowy źródło: YouTube